La partenza di Luigi d'Ungheria incoraggiò i Napoletani a chiedere il ritorno di Giovanna, la quale, dopo aver partorito una bambina, rientrò, accolta festosamente dalla popolazione e con qualche risorsa finanziaria in più, grazie agli ottantamila fiorini ricavati dalla vendita di Avignone.
Nel frattempo, Niccolò Acciaioli e l'ammiraglio Marzano avevano avuto un incontro con Giovanni Pipino, rimasto a Roma, inoperoso, a godersi i frutti del ritrovato prestigio ottenuto con la vittoria su Cola di Rienzo.

La natura bellicosa di Giovanni Pipino non poteva rimanere indifferente all'occasione che gli si presentava per riprendere le armi, ma, soprattutto, gli offriva una concreta possibilità di reinserirsi nel gioco politico e acquisire, in prospettiva, benefici e feudi. Il titolo di Patrizio, liberatore di Roma, e via dicendo, lo gratificava dal punto di vista delle onorificenze, ma era privo di sostanza, non avendo feudo alcuno su cui esercitare la sua signoria.
Il 10 giugno del 1348, Giovanni Pipino, vestito della sua armatura più sfavillante, insieme al mercenario duca Guarnieri e al conte di Asperch, entrava, accolto trionfalmente, nella città di Napoli, con millecinquecento barbute teutoniche (nota 11), innalzando il vessillo dei gigli d'oro con la croce di Gerusalemme di Giovanna I insieme a quello pontificio. Ancora una volta il Palatino si adeguava alle esigenze politiche della Curia avignonese, schie rata a sostegno della sovrana, e confermando la buona reputazione che godeva per le sue riconosciute capacità militari.
Giovanna e Ludovico avviarono subito una campagna militare per riconquistare i territori controllati dalle residue truppe ungheresi.

La regina si preoccupò di riprendere Castel Nuovo e Castel Sant'Elmo, ancora in mano del nemico e pur di aver ragione dei soldati nemici asserragliati a Castel Nuovo, utilizzò ogni mezzo, lecito e illecito. Si arrivò persino a lanciare carogne putrefatte all'interno del castello, nel tentativo di provocare una pestilenza. Non riuscendo ad ottenere risultati utili, Giovanna invitò a cena il capitano ungherese Ulrico Wolf, che difendeva il castello. Si racconta che, per l'occasione, si fosse presentata con una seducente e trasparente veste subendo l'indifferenza del rude ufficiale ungherese che rifiutò di renderle il castello.

Ludovico, invece, si avviò verso Manfredonia, divenuta la roccaforte del comando ungherese.
Giovanni Pipino, con il cognato conte di Asperch, seguì il re nelle terre della Capitanata. Molte città daune erano rimaste fedeli agli Ungheresi: Manfredonia, Monte Sant'Angelo, Serracapriola, Ortona, Trivento, Guglionisi (località dove risiedeva un altro generale ungherese, fratello di Ulrico, Corrado Wolf, detto Lupo). Il re tarantino riuscì a conquistare Apice, dove le sue truppe si abbandonarono al saccheggio e agli stupri. Successivamente riuscì ad entrare anche a Barletta, città difesa dalla famiglia Degattis, alleata degli Ungheresi.
Ludovico giunse, poi, a Lucera, mentre contro di lui marciava Corrado Lupo. Toccò al Palatino sbarrare il passo alle bande del generale ungherese, ma quest'ultimo lo aggirò, presentandosi sotto le porte della città. I soldati di Ludovico, asserragliati nel castello di Lucera, pur essendo in numero quattro volte superiore agli avversari, subirono alcune sconfitte in scontri isolati. Il re napoletano si guardò bene dall' affrontare in una battaglia risolutiva l'avversario, il quale, stanco di aspettarlo, marciò verso Foggia.

I Foggiani si rifiutarono di rifocillare le truppe ungheresi, che ebbero, così, il pretesto per assediarli. Per avere ragione dei cittadini che si difendevano valorosamente, i soldati li costrinsero a combattere ininterrottamente, senza dare loro tregua neanche nelle ore notturne e, alla fine, li presero per stanchezza. Inutilmente i Foggiani avevano inviato richieste di aiuto a Ludovico, che era a Lucera, distante pochi chilometri dalla città. Foggia fu devastata da Corrado Lupo, con il solito rituale di violenze su cose, uomini e donne. In tanta atrocità si distinse il conte di Trivento, Nicola di Eboli, per aver impedito ai soldati di usare violenza alle donne che si erano rifugiate nella cattedrale della città. Successivamente le aiutò a trasferirsi ad Ascoli Satriano. Il bottino fu notevole, almeno ventiduemila once d'oro.

La successiva diserzione del duca Guarnieri, che ritornò nelle file ungheresi, indusse Ludovico a ritirarsi a Napoli, lasciando ai fratelli Pipino l'immane compito di difendere i suoi interessi in Puglia. Questa regione diventava il luogo dove più violentemente erano in luce le contraddizioni e lo sfacelo del regno angioino; ancora una volta, qui si decidevano le sorti della monarchia meridionale.
Nella difficile vita della popolazione che abitava i borghi della Puglia, tra torride estati e freddi inverni, nei campi devastati dalle guerre, nella mortale pestilenza, Giovanni Pipino e i suoi fratelli si trovarono a combattere una guerra con un drappello di cinquecento barbute, comandato da abili capitani teutonici e lombardi.
Fu giocoforza che i reali si affidassero al valore dei fratelli pugliesi per affrontare un nemico molto deciso e ben organizzato militarmente. Giovanna, per ricompensarli del loro impegno, restituì loro la dignità di cavalieri: Pietro Pipino riebbe il titolo di conte di Vico, la comestabulia di Lucera e la signoria di San Severo, Luigi ritornò ad essere conte di Potenza e signore di Troia e Torremaggiore e, probabilmente su suggerimento della stessa regina, sposò Margherita Ceccano, vedova di Roberto dei Cabanni.

A Giovanni Pipino, invece, non fu possibile restituire la contea di Minervino, saldamente tenuta dai del Balzo, e nemmeno gli altri feudi in mano ai suoi avversari di sempre: gli fu riconfermato il possesso del feudo materno di Altamura. È legittimo, però, pensare che il Palatino pretese, ed ottenne, che gli fosse riconosciuta in pieno la titolarità delle operazioni militari, per cui ebbe dalla sovrana il titolo di principe di Bari. E per meglio motivarlo nella guerra, gli furono promessi i feudi di Bisceglie, Molfetta, Giovinazzo e Monopoli; ma le prime tre città erano filo-ungheresi e per entrare in loro possesso il neo-principe doveva prima sconfiggere i nemici e riportare quelle località sotto le bandiere degli Angioini.
Essere nominato principe di Bari, non significò affatto per Giovanni Pipino ottenere la signoria della città, che si mantenne autonoma e schierata con chi comandava nel regno; era, il titolo di principe, solo un appellativo altisonante a cui il Pipino sembrava particolarmente sensibile? O forse prefigurava una sua visione di futuri domini, di un ruolo, fosse anche politico, che egli pensava di svolgere nelle terre pugliesi, non appena le cose del regno si fossero evolute in meglio? Oppure poteva aprire le porte ad una sua futura prestigiosa dinastia? Comunque, era evidente che lo scopo principale di Giovanni fosse quello di essere elevato ad un rango tale da competere dall'alto con i suoi avversari, anche se, ancora una volta, titolo e feudi li doveva conquistare sul campo di battaglia.
Interessante è la lettura di un documento del 19 gennaio 1349, sottoscritto da Pietro Pipino, che conferma il ritrovato potere dei fratelli pugliesi:

"...presentandosi a noi il venerabile e religioso frate Angelo de Risola, di Aquila, vice priore del nostro convento, ci espose che nel febbraio del 1348, presso Lucera, prima che questa città, ora nostra, ci fosse data in consegna dal re e dalla regina, noi, spinti dal volere divino e dai grandi servizi e ossequi portati dai monaci ai nostri avi, donammo al monastero in perpetuo il latifondo denominato Ripaletta... Essendo noi stati, per grazia di Dio e delle Reali Maestà, elevati al grado di contea di Lucera, avendo ottenuto il possesso della terra e il giuramento di fedeltà dagli abitanti, vassalli e feudatari, alla presenza della sacra Maestà, principe Ludovico di Taranto, re di Sicilia e di Gerusalemme e dell'eccellente uomo, Giovanni Pipino, Palatino di Altamura, Principe di Bari, conte di Minervino,... concediamo il nostro privilegio munito e rafforzato del grande suggello..." (nota 20).

"Tutto questo dimostra la singolare personalità del nostro feudatario alla ricerca di ogni elemento anche di esteriore grandezza. Ma va osservato che non è semplice debolezza umana, un segno della vanità, e comunque sempre un aspetto significativo della sua psicologia. Noi crediamo che si celi qualcos'altro, una lungamente sognata realtà di dominio, una presunzione di regalità, che in ogni occasione può disporre e tradurre in potere effettivo. L'ambiente, la mentalità non erano tali da appagarsi della mera onorabilità di un emblema, ed il Pipino, in particolare non era un uomo da sentirsi soddisfatto del velleitario fregio di essi, ove non fosse emersa una corrispondente ragione di incidenza sui valori della struttura feudale del regno, a garanzia di ulteriori avanzamenti" (nota 21).

Le vicende del regno, però, non facevano sperare nulla di buono. Il matrimonio tra Giovanna e Ludovico si rivelò, ben presto, foriero di altri guai. A Corte, ripresero i litigi. Il principe tarantino, consigliato e sostenuto dall'Acciaioli, premeva sulla moglie per condividere, con lei, il potere. Giovanna gli rinfacciava le sue scarse capacità militari e Ludovico, accusandola di avere relazioni extraconiugali, la ingiuriava "e come vii femmina, in gran vituperio della corona, la battea". È accertato che Ludovico non fu affatto fedele alla regina ed ebbe almeno due relazioni adulterine, da cui nacquero due bambine, Esclabonda e Clemenza. La presunta infedeltà di Giovanna poteva essere, quindi, giustificata, anche per il suo carattere poco remissivo e orgoglioso.
La condotta del re tarantino non fu esemplare e il giudizio nei suoi confronti da parte dei suoi contemporanei ne risentì. Boccaccio lo definì stultus puer, Petrarca affermò che era un uomo che alle "manchevolezze della gioventù aggiungeva i vizi dell'età matura", il cronista Matteo Villani lo definì "violento, incapace sul piano militare e tanto proclive alla menzogna da farsene addirittura un vanto". Sul piano politico si era praticamente rimesso all'iniziativa e alle capacità del fidato Niccolò Acciaioli.

Giovanna fu costretta a scrivere al Santo Padre invocando la sua protezione nei confronti delle prepotenze del marito e per smentire le voci maligne che circolavano a Corte su una sua presunta passione per Enrico Caracciolo. Non ci sono riscontri sull'amore di Giovanna per questo giovane, ma è pur vero che Enrico come suo camerlengo (preposto all'ufficio della cassa del tesoro) le era stato sempre vicino, nei giorni terribili dell'assedio al castello, quando il popolo napoletano lo assalì per invocare giustizia nei confronti degli uccisori di Andrea, e durante la sofferta fuga ad Avignone.
Ludovico, complice l'Acciaioli, intentò un processo per tradimento nei confronti di Enrico che, il 23 aprile del 1349, finì sul patibolo. Non fu, come si potrebbe pensare, un cruento atto di gelosia, (un sentimento sconosciuto a Corte), bensì una operazione politica per privare Giovanna di uno dei suoi sostenitori più fedeli.

Giovanni Pipino, intanto, combatteva e resisteva in Puglia. Si era stabilito nel castello di Bisceglie e da lì, efficacemente, controllava la costa sino a Manfredonia e la via che portava alla sua Altamura: da questa città era in posizione strategica, poiché vi passavano le strade che conducevano in Basilicata e, quindi, ad ovest, verso la Campania e a sud-est, attraverso Matera, a Taranto. Questo consentiva al principe di Bari di portare agevolmente lo scompiglio a Barletta, Molfetta e Giovinazzo.

Gli Ungheresi e i loro alleati si erano concentrati a Barletta per approntare un esercito, allo scopo di riportare sotto il loro controllo le terre del centro e del sud della Puglia. Il generale ungherese Stefano voivoda, però, non era stato in grado di esaudire la richiesta di aiuto dei cittadini gravinosi, accorsi da lui per sollecitare l'invio di un drappello di cavalieri che li difendesse dall'arrivo imminente del conte Sanseverino. Era evidente che gli Ungheresi avevano qualche lacuna nella loro organizzazione militare e questo li costrinse più a cercare un'alleanza che uno scontro con il principe di Bari.
Stefano voivoda chiese una tregua a Giovanni Pipino e propose un incontro, a metà strada tra Bisceglie e Trani, nei pressi di un torrente asciutto.
Erano presenti con Stefano voivoda, il duca di Guarnieri, Corrado Lupo e il conte Nicola di Eboli. Il Palatino si presentò scortato da due suoi cavalieri e con il suo nuovo stendardo, in cui le tre ostriche da rosse erano divenute color oro.

Stefano voivoda ricordò al Pipino i benefici ricevuti dagli Ungheresi per la sua liberazione dalla prigionia, grazie all'intervento di Andrea in suo favore, cosa che gli costò la vita. Quindi lo richiamò ad essere fedele al sovrano di Ungheria e lo invitò a non recare più danni e fastidi ai cittadini di Molfetta e di Giovinazzo, città che erano sotto la protezione degli Ungheresi. Giovanni Pipino, per nulla intimorito, rispose:

"Nobilissimi cavalieri, abbiamo ben compreso le parole da voi pronunciate; e crediamo che a voi siano ben note le cose che vi diciamo. Forse sapevate che quando il Signor re di Ungheria venne la prima volta, noi fummo suoi alleati e nella sua speranza venimmo sino in Ungheria per indurlo ad intervenire affinchè si vendicasse dei suoi traditori. Egli dopo essere entrato nel regno ed essersi vendicato dei traditori, perdonò ancora di più i nostri nemici e su loro indicazione stabilì di farci uscire dal regno; cosa a cui ci dovemmo adeguare con grande dispiacere, non essendo noi così potenti da contrastare la sua volontà. Ora ci chiedete di passare al suo servizio. Giammai! Non avete alcun diritto di chiedercelo in quanto da lui non ci è stato concesso alcun feudo. Ma alla vostra cortese e amichevole richiesta, vogliamo promettere per il futuro di vivere in pace con voi e con una duratura tregua. Desideriamo che sulle terre di Giovinazzo e Molfetta non ci rechiate danno, consentendo insieme di governarle. Dopodiché, sul nostro onore, vi promettiamo che, acquisite quelle terre al nostro dominio, vivremo in pace, astenendoci da qualsiasi ostilità nei confronti dell'onore della regia maestà. Se qualora da parte vostra voleste impedirci questo, noi con i nostri soldati vi resisteremo da nemici".

La risposta del Palatino provocò il risentimento di Stefano voivoda che s'incollerì al punto di ordinare ai suoi cavalieri di arrestare Pipino. Corrado Lupo e il conte d'Eboli, cognato di Pipino, si adoperarono per convincere l'Ungherese a rispettare la tregua, che vietava di far prigionieri i propri interlocutori e di accettare le proposte del principe di Bari, a condizione che lo stesso s'impegnasse a rispettare le città alleate agli Ungheresi. L'accordo fu giurato sui Vangeli e ognuno ritornò donde era venuto.
La spregiudicata condotta del Palatino nell'incontro con i suoi avversari poteva sembrare fuori da ogni ragionevole prudenza, ma sottolineava ancora una volta la sua coerenza nel perseguire un proprio disegno tendente a ripristinare l'antico patrimonio feudale in piena autonomia, senza essere debitore, per questo, nei confronti di alcuno. È probabile che Giovanni fosse, però, a conoscenza dei disegni di Ludovico, che aveva deciso di trarre in una trappola gli Ungheresi, distogliendoli dalla Puglia.

Il voivoda, difatti, subito dopo il colloquio con il principe di Bari, si avviò verso la Campania per sostenere le richieste che gli erano giunte da parte di alcune città del Casertano, che dichiaravano di volersi alleare contro Napoli. Erano, però, tali richieste, il frutto di un inganno ordito dallo stesso Ludovico.
Non appena il voivoda partì, Giovanni Pipino, rimangiandosi l'impegno assunto con i generali ungheresi, riprese le ostilità; contemporaneamente, Roberto Sanseverino entrava in Puglia e si affacciava sotto le mura della filoungherese Gravina, con mille cavalieri e numerosi fanti. Tutto lascia intuire che i Napoletani avessero organizzato una manovra militare in grande stile. Una volta attirato nella trappola campana, al voivoda si sarebbe resa difficoltosa la ritirata verso la Puglia.

I cittadini di Gravina, feudo di Maria d'Angiò, riuniti in assemblea avevano deciso di schierarsi con gli Ungheresi, ma l'arrivo di Roberto Sanseverino consentì al partito filonapoletano di ribaltare la posizione consentendo, a chi la pensava diversamente, di lasciare la città per non incorrere nelle prevedibili vendette. Diversi furono tuttavia gli atti di ritorsione: una povera donna, che aveva l'unica colpa di essere moglie di un avversario politico, mentre transitava per strada portando una fiammella per accendere il fuoco in casa, fu passata a fil di spada; un partigiano degli Ungheresi fu imprigionato e impiccato. Altri furono costretti a cedere i loro beni in cambio della libertà. Ma anche i vincitori dovettero ben presto conoscere la dura legge del più forte. I soldati del Sanseverino, una volta entrati in città, requisirono tutte le vettovaglie disponibili senza distinguere tra amici e nemici e "si toglievano seco le donne, le vergini bellissime precipuamente". La stessa giovane e aggraziata moglie di Domenico di Gravina, prezioso cronista di quel secolo, inventò una infermità causata da un recente parto per evitare di essere violentata e un'altra donna, per sfuggire alle voglie dei soldati, si nascose a bagnomaria per molti giorni in un pozzo d'acqua; neanche Alessandra, la meretrice del paese, fu risparmiata e, forse per non aver distinto nelle sue funzioni tra amici e avversari, fu condannata al rogo e bruciata viva.

A Gravina, intanto, si procedeva con sommari processi nei confronti dei filoungheresi, e per dare un'idea di quale penosa situazione si fosse creata nel regno di Giovanna I illuminante è l'argomentazione difensiva del giudice Martuccio, capo del partito filo-ungherese della città, accusato, ingiustamente, dal cognato:

"Dunque, Signore [rivolto al Sanseverino], se per questa cagione devo morire, tutti gli uomini di questo regno meritano di morire di atroce morte; perché tutto il regno dopo la morte di Andrea, nostro signor duca, si diede al dominio degli Ungheresi, e dopo il ritorno di Ludovico e della regina e di sua sorella duchessa di Durazzo [Maria d'Angiò] ognuno si diede al loro dominio. E dopo la seconda venuta degli Ungheresi, novellamente il regno si fu diviso, e a tutti gli uomini di questa città piacque di darsi al dominio degli Ungheresi".

La verità del povero giudice, così toccante nella sua semplicità, servì a ben poco; finì appeso, a testa in giù, dall'alto di una torre e, tra mille torture, impiccato. Il cadavere straziato fu lasciato per dieci giorni esposto nella piazza. La verità era solo quella dei vincitori, non importa se ottenuta con la forza, con l'inganno, con le false suggestioni.
Le città meridionali non furono estranee ai primi tentativi di autonomia nelle decisioni politiche della comunità, come è dimostrato dalle vicende di Gravina, anche se le apparenze sembrano confermare quanto le popolazioni fossero pronte a seguire le bandiere dei vincitori. I baroni contribuirono, con la loro ottusità, a frustrare, in molti casi, ogni tentativo di emancipazione municipale e seppero sempre avere buon gioco nel respingere le istanze autonomiste delle città.

Giovanni Pipino, con cinquecento cavalieri teutonici e con una moltitudine di cittadini arruolati nelle campagne e nelle città sue alleate, muoveva contro Molfetta.
I Molfettesi si difendevano risolutamente, ma caddero in un tranello che il Palatino aveva preparato. Fingendo una fuga, si lasciò inseguire dai cittadini che, giunti ad un miglio dalle mura della città presso la chiesa della Madonna dei Martiri, furono accerchiati e sconfitti. Un centinaio di pri- gionieri, tra i quali molti nobili cavalieri, furono trasferiti nelle carceri della vicina Bisceglie per essere poi rilasciati, dietro il pagamento di un riscatto e della resa della città, ai vessilli del principe di Bari. Sanseverino, invece, lasciata Gravina, si era portato verso la costa e, prima di attaccare Trani, espugnò la città di Ruvo, mettendola a ferro e fuoco.

"Oh quanto terribili urli e pianti di uomini, di donne e d'infanti fanciulli dell'uno e dell'altro sesso! [...] e moltissime donne, precipuamente le vergini, sono prese da empi carnefici e molte di loro a carnali vituperi sono trascinate".

La città fu saccheggiata e incendiata e i suoi abitanti emigrarono in Basilicata, trascinando le loro povere masserizie lungo i sentieri della Murgia che costeggiavano Castel del Monte e il Garagnone.
Sanseverino proseguì la sua marcia, conquistando Cerato e Terlizzi, per poi presentarsi sulla costa, alle porte della filoungherese Trani. Giovanni Pipino, dopo aver conquistato Molfetta, marciò contro Giovinazzo. La cittadina fu assediata dal mare e da terra. Ad aiutare il Palatino erano giunte da Bari quattro galee napoletane e gli abitanti, non vedendo alcuna via di scampo all'assedio, decisero di arrendersi, innalzando il vessillo di Giovanna I. Pipino ottenne dalla città cento once d'oro e otto ostaggi, ciascuno in rappresentanza delle classi sociali cittadine, a garanzia della totale e completa fedeltà. Gli ostaggi furono imbarcati sulle galee e custoditi nel castello di Bari.

L'assalto di Sanseverino alla città di Trani fu respinto, le scale dei soldati angioini appoggiate alle mura vennero rigettate nel fossato e il conte Sanseverino, colpito da una freccia, rimase seriamente ferito ad una coscia. Il conte, immobilizzato dalla ferita e in difficoltà per la mancanza di vettovaglie, decise di ritirarsi a Gravina, per poi, di lì, raggiungere Ludovico di Taranto che si preparava ad affrontare le truppe ungheresi a Melito, nei pressi di Aversa.
Il conte di Minervino, instancabile, continuò nella sua guerra. Con l'impiego di torri, baliste e arieti si rivolse contro la fortissima città di Bitonto che si difese con un migliaio di abili balestrieri. Lo stesso Palatino rischiò la morte, per una freccia scagliata dalle mura della città, fortunosamente evitata per aver piegato il capo al momento giusto.
I Bitontini, dopo tre settimane di assedio, compresero di non poter resistere a lungo e gli inviarono ambasciatori con un messaggio:

"Dite al Palatino che non ci molesti e aspettiamo, invece, di vedere chi sia il vincitore di questo Regno, se il re di Ungheria o la Regina, in quanto è ovvio che il Cielo ad uno di loro darà la vittoria".

Per tutta risposta il principe di Bari, arruolati i cittadini di Palo del Colle, si diede alla sistematica devastazione degli uliveti e dei trappeti. I baresi alleati di Pipino, accorsi in gran numero, si davano da fare a spiantare cipolle negli orti, e agli assediati che dalle mura assistevano impotenti a tanto scempio, gridavano: "oh valorosi Bitontini, perché non venite a raccoglierle?". I Bitontini, stremati, chiesero una tregua al Palatino, e la ottennero dietro il pagamento di cento once d'oro e con la concessione di alcune settimane di riflessione per decidere da che parte schierarsi. L'incontro risolutivo fra le parti fu fissato per metà luglio, presso il campo di san Leone.
Giovanni, poi, si diresse verso Bari, ma la città rifiutò di aprirgli le porte forse per non legittimarlo come suo principe e mantenere così la sua autonomia.

Tornato a Bisceglie, dopo aver sostato a Monopoli per un breve periodo di riposo, riprese le sue operazioni militari prendendo di mira Barletta. Nell'estate torrida del Sud (fu tale il caldo, che il cronista annota la morte di tre robusti cavalli ungheresi nel dì del Corpus Domini), si riaccese a Barletta lo scontro tra i Degattis, partigiani degli Ungheresi, e i filoangioini della Marra.
Nel frattempo, Ludovico di Taranto tentò, con un inganno, di sorprendere le truppe ungheresi a Melito; purtroppo, la sua astuzia si risolse in una immane disfatta. Vennero fatti prigionieri un migliaio di Napoletani, moltissimi nobili, tra i quali i Sanseverino e Raimondo del Balzo, che furono sottoposti a crudeli torture; costoro, per essere rilasciati, pagarono un riscatto di trentatremila fiorini d'oro.
La sconfitta di Ludovico fu talmente grave che si rese necessario l'autorevole intervento di Clemente VI per impedire che si trasformasse, irrimediabilmente, nella fine del regno di Giovanna. Il papa riuscì ad imporre una tregua dietro il pagamento di un riscatto di duecentomila fiorini d'oro da versare ai generali ungheresi per liberare i prigionieri napoletani. La notizia della sconfitta di Melito si propagò come un fulmine per tutto il regno; lo stesso cronista notar Domenico di Gravina annota che il risultato dello scontro, avvenuto il sabato, arrivò la domenica sera al castello di Garagnone (situato sulla Murgia, tra Altamura e Gravina, di cui ancora oggi sono visibili, confusi tra le rocce, resti delle mura), distante dal campo di battaglia almeno cento miglia.

Pipino risentì immediatamente le conseguenze della disfatta di Ludovico; il voivoda, tornato in Puglia, forte del danaro ricavato dal riscatto dei baroni sconfitti, offrì mille fiorini ai mercenari del principe di Bari, senza stipendio da tre mesi, in cambio della loro diserzione. La somma fu subito accettata dagli abili capitani mercenari di Giovanni (tra cui Hebniger, connestabile di Lupisce) che passarono dalla parte ungherese e inviati a difendere Bitonto.
I Bitontini, forti del sostegno degli uomini di Hebniger, nel giorno concordato con Pipino, si schierarono presso il campo di san Leone, per affrontarlo in battaglia. Il Palatino, ovviamente, si guardò bene dal presentarsi. Al capitano bitontino, dopo aver proclamato solennemente l'assenza di Giovanni Pipino, non rimase che rientrare in città, per festeggiare. La mattina dopo, Bitontini e Ungheresi si scatenarono furiosamente contro i paesi vicini, radendo al suolo la contrada di Auricarro. Toccherà, subito dopo, alla vicina Palo che si difese come poteva in una giornata rovente di fine luglio. I Bitontini tornarono all'assalto della città preferendo le ore serali per ovviare agli inconvenienti dell'ardente sole pugliese. Ci vollero due giorni per caricare sui carri tutte le vettovaglie e i beni predati e portarli a Bitonto. Poi si diressero verso Bari per restituire ai suoi abitanti la cortesia delle cipolle spiantate.

Gli Ungheresi e i loro alleati assalirono altre città, saccheggiando e stuprando, inseguendo i contadini sin dentro i boschi per torturarli. All'inferno si aggiunse l'inferno.
Giovanni Pipino, insieme ai fratelli, tentò di reagire. Si precipitò ad Altamura, si appellò agli abitanti della città, convinse i contadini che al terrore bisognava reagire, e raccolta una moltitudine di gente armata di mazze, forconi e qualche spada, con pochi cavalieri, scese verso la pianura per tentare di sorprendere e contrastare l'avanzata degli Ungheresi.
La sorpresa sfumò. Alcuni abitanti di Balsignano (borgo situato nelle vicinanze di Modugno, dove sono ancora visibili i resti di una abbazia benedettina) avvertirono gli Ungheresi, i quali, seppure inferiori di numero, erano militarmente meglio preparati. Divisero la cavalleria in tre squadre e attaccarono, con successo, i coraggiosi contadini del Palatino, nella pianura di Bitritto. Lo stesso principe, a cavallo di un bellissimo baio di nome Boccadoro, fu catturato da Hebniger.

I fratelli di Giovanni Pipino non si persero d'animo e si lanciarono all'inseguimento di Hebniger che stava conducendo di gran carriera il prigioniero verso Bitonto. Luigi Pipino riuscì a raggiungere la scorta ungherese e liberò il fratello, per poi darsi ad una precipitosa fuga e riparare nel vicino castello di Loseto dove, nel frattempo, i soldati e i contadini sconfitti si erano rifugiati.
Scese la sera; Pipino con le sue truppe rifugiate nel piccolo castello di Loseto, disponeva di poche vettovaglie. La condizione degli assediati era tragica, ma gli Ungheresi, dopo aver devastato le campagne dei contadini losetani, decisero di ritirarsi a Modugno, nel timore che dalla vicina Bari potessero giungere rinforzi a favore del Palatino.
Ferito nell'orgoglio, compromesso il suo ascendente verso la popolazione che lo aveva sostenuto - vedendo in lui l'uomo della possibile salvezza - pieno di tormento e di rabbia, Giovanni Pipino si recò nella cattedrale di Bisceglie per fare un singolare voto, quello di togliersi un calzare che avrebbe dovuto indossare nuovamente solo quando l'onta subita fosse stata riscattata.
Giovanni Pipino, con il piede scalzo, si accinse ad affrontare nuovamente i suoi nemici.

Le città di Terra di Bari furono nuovamente sottoposte agli assalti ungheresi. Corato respinse l'assedio grazie al geniale impiego di rudimentali ordigni incendiari, costituiti da orci colmi di olio e rami secchi accesi, che venivano scagliati sui nemici per bruciarne le torri e i trabucchi.
La popolazione si era stancata di tanti eccessi; gli stessi contadini andriesi, barlettani e tranesi che appoggiavano l'esercito ungherese decisero di ritirarsi. Gli Ungheresi li apostrofarono: "Vi liberammo dai latini, dividemmo con voi le prede dei nemici, ora che la vittoria è vicina, voi così ci ricompensate, con il tradimento?". Alle rimostranze per la loro diserzione improvvisa, i contadini-soldati risposero: "Ormai siamo stanchi di combattere. Chi vuole combatta. Noi vogliamo ritornare alle nostre case per riposare". Sembrerebbe vigliaccheria, ma la verità è un'altra. Si era avvicinato il tempo della vendemmia e i contadini non volevano perdere l'unica risorsa ancora disponibile per la loro sopravvivenza. Un duro inverno era alle porte, i raccolti erano stati compromessi da incendi, devastazioni, e la peste aveva decimato la mano d'opera.

Pipino piede scalzo, nottetempo, con circa duecento cavalieri, si diresse verso Barletta sapendo che la città era sguarnita di soldati. Ordinò ad alcuni dei suoi di nascondersi in un vigneto e, all'alba, mandò una sparuta avanguardia verso la città, con il compito di provocare e predare i cittadini e i contadini di Barletta, per poi fingere una rapida ritirata. I Barlettani inseguirono l'avanguardia inviata contro di loro da Pipino, cadendo in pieno nella trappola; oltre cento di loro furono fatti prigionieri. Pipino si diresse verso la città ritenendo che i suoi abitanti, alla vista dei loro concittadini prigionieri, si arrendessero; invece i Barlettani chiusero le porte delle mura e si difesero con nutriti lanci di frecce, aiutati anche dai frati minori del vicino monastero di S. Francesco. Pipino piede scalzo ripiegò e, giunto nella vicina chiesa di S. Maria delle Monache, pago del risultato, decise di sciogliere il voto: fatte squillare le trombe, innalzato il vessillo, si rimise il calzare.

I Barlettani decisero di reagire alle continue vessazioni del Palatino arruolando alcuni mercenari al seguito delle truppe ungheresi; costoro, avendo saputo che un centinaio di cavalieri del Pipino si erano recati nelle terre di Andria per far razzie, organizzarono una imboscata, attendendo i soldati del principe nei pressi di un bosco, alle porte di Bisceglie. L'agguato riuscì e tutti i cavalieri del Palatino furono fatti prigionieri; per farli rilasciare, Pipino fu obbligato a liberare tutti i Barlettani da lui precedentemente catturati.
I colpi di scena di questa guerra si susseguivano senza tregua. Questa volta a farne le spese fu lo stesso voivoda. Ad Aversa, dopo la vittoria di Melito, i mercenari del conte Lando e del duca Guarnieri chiedevano, con minacce e a gran voce, gli stipendi arretrati di due mesi più una doppia paga, promessa in caso di vittoria, per un totale pari a ben centomila fiorini. Il voivoda non poteva far fronte alle loro richieste, perché privo delle necessarie risorse finanziarie attese dall'Ungheria.

A toglierlo dall'impaccio ci pensò lo stesso Ludovico di Taranto che, venuto a conoscenza dello scontento dei mercenari ungheresi, offrì loro duecentomila fiorini in cambio della diserzione. Stefano voivoda, fiutando il tradimento, si ritirò in gran fretta a Manfredonia.
Mentre il voivoda si preoccupava di come affrontare la diserzione dei suoi avventurieri, nei porti di Manfredonia e Barletta, inaspettatamente, arrivarono moltissime navi, provenienti dalla sponda opposta. Era giunto Luigi di Ungheria con il suo esercito, per invadere nuovamente il regno di Giovanna I. Il re, appena sbarcato, si insediò nel castello di Trani dove si recarono i baroni a lui fedeli per rinnovargli l'atto di vassallaggio. Informato degli atteggiamenti del Palatino, ordinò di assediare Bisceglie inviando parte del suo esercito e due galee per circondare, da mare e da terra, il castello dove erano arroccati i fratelli Pipino.
Al Palatino non rimase che la resa, che fece nel modo più spettacolare e originale; cavalcando un'asina, vestito solo di una camicia si presentò a Luigi d'Ungheria, con un grosso capestro al collo.
Lo stesso re fu sorpreso, e apprezzando la solenne umiliazione, lo perdonò reintegrandolo nel suo feudo di Minervino. Al Palatino non sembrò vero di poter riprendere quel feudo a cui tanto era legato e si precipitò subito sulla Murgia per dare l'assalto al castello della città, difeso dai soldati di Raimondo del Balzo. Non riuscendovi, chiese ed ottenne da Luigi di Ungheria trabucchi, baliste ed arieti che gli resero più facile espugnare la città. Il sovrano ungherese, però, memore della volubilità del conte di Minervino, prese le sue precauzioni tenendo in ostaggio, nel castello di Barletta, Pietro Pipino.

In Puglia ripresero i saccheggi, le violenze, gli incendi. Gli Ungheresi conquistarono numerose località: Fasano, Villanova, Putignano, Casamassima. La sorte più dolorosa toccò ad Andria, che fu rasa al suolo. Prima, però, si ebbe l'accortezza di chiudere le porte di accesso alla città, per impedire la fuga ai cittadini. Furono strappati i denti agli uomini, e le donne - ritenute dal nostro notar Domenico tra le più belle di Puglia - subirono l'ennesimo stupro di massa.
La presenza del forte esercito di Luigi di Ungheria, pare fosse costituito da circa sessantamila soldati, doveva rendere abbastanza problematica la convivenza con le popolazioni. A Barletta, città che nelle alterne vicende di questo periodo era stata fedele alla causa ungherese, scoppiò un tumulto causato da una banale rissa tra cittadini e soldati i quali, giocando a dadi in una osteria, avevano litigato, per poi mettere mano ai coltelli.

Un cittadino rimase ferito e tanto bastò per dare la stura all'insofferenza nei confronti delle truppe. Re Luigi, che risiedeva in quel momento nel castello della città, dopo aver rimproverato i suoi capitani, a cui aveva dato precisi ordini di non molestare in alcun modo l'ospitale popolazione, intervenne direttamente nella contesa e, armi alla mano, placò gli animi dei suoi soldati.

Sedato il tumulto, Luigi si avviò con l'esercito verso Napoli, deciso a chiudere la partita con Giovanna I. Questa volta la sua marcia, però, non fu spedita come la prima, a causa di resistenze e opposizioni di alcune città. Giunto ad Aversa, Luigi incontrò alcuni ambasciatori napoletani che gli proposero il matrimonio con Maria d'Angiò, rimasta vedova per mano dello stesso re ungherese.
L'ambasciata era stata .segretamente organizzata dalla stessa Maria, che da tempo tramava contro la sorella. Il matrimonio con il presunto vincitore della guerra non poteva che rafforzare la sua posizione personale. Luigi d'Ungheria rifiutò la proposta.

Giunto sotto le porte di Napoli, l'Ungherese, in una sortita, rimase ferito seriamente ad un piede e nel delirio della febbre sognò di morire tragicamente. Nel suo accampamento si erano accesi focolai di peste, e a preoccupare ancora di più il sovrano furono le notizie che giungevano da Viségrad, dove alcuni nobili si erano ribellati, anche a causa della sua assenza. L'ennesimo intervento di Avignone a favore dei regnanti napoletani contribuì a rafforzare la convinzione del giovane re ad abbandonare l'impresa; in cambio, Luigi pretese dal pontefice la celebrazione di un secondo, e più equo processo contro Giovanna per l'assassinio di Andrea. Poi si recò a Roma per il giubileo e, tornato in Puglia, fece vela verso l'Ungheria, lasciando parte dei suoi soldati sul territorio, in attesa degli sviluppi del nuovo processo a Giovanna.

Giovanna I partì subito dopo per Avignone, dove affrontò il nuovo giudizio. Nella sala della Grande Udienza dalla volta celeste affrescata da infinite stelle della turrita chiesa avignonese, fu pronunciata la definitiva sentenza del sacro collegio:

"Il regicidio di Andrea non era avvenuto per corrotta intenzione o volontà della regina, ma a causa di malìe o fatture che le erano state fatte; alle quali la sua natura fragile femminile non aveva saputo, ne potuto, riparare".

Giovanna, per il sacro collegio, era vittima delle circostanze, forse delle pratiche magiche della fattucchiera Filippa la Catanese e per questo le si riconosceva, di fatto, la condizione di chi era incapace di intendere e volere. E seppure si lasciasse intendere che fosse stata complice, in qualche modo, del delitto, fu nuovamente e definitivamente assolta.
Luigi il Grande, vedeva, così, frantumarsi il sogno di costruire un grande Impero che unisse l'Ungheria, la Polonia e l'Italia meridionale e, anche se poco soddisfatto della sentenza di Avignone, liberò i principi napoletani tenuti in ostaggio a Viségrad, che ritornarono a Napoli, con notevoli risentimenti verso i cugini regnanti.

A tirare le somme, l'impresa dell'Ungherese, nonostante gli sforzi finanziari e le ripetute spedizioni militari, si rivelò un fallimento e la vera vincitrice risultava Giovanna I. Il conto più salato di questa guerra dinastica lo pagarono, però, i cittadini e i contadini, ridotti in uno stato di maggiore indigenza dalla peste e dalla carestia.
Ma il peggio doveva ancora venire.

A Napoli, Giovanna, dopo l'assoluzione di Avignone, fu abilmente esautorata dei suoi poteri dal marito, Ludovico, e dall'Acciaioli. Clemente VI non abbandonò la sua pupilla e, ancora una volta, intervenne in suo aiuto; dalla Provenza partirono otto galee, comandate da Ugo del Balzo che, giunto nel regno, impose a Ludovico di restituire alla consorte le sue prerogative di governo.
Ugo del Balzo, dopo aver ripristinato i poteri di Giovanna, approfittando dell'allontanamento dei sovrani dalla reggia, si recò a Castel dell'Ovo per rendere omaggio a Maria d'Angiò. La visita nascondeva un secondo fine. Improvvisamente Roberto, figlio di Ugo del Balzo, trascinò l'ignara principessa nella camera da letto e la violentò per imporle il matrimonio riparatore. Fu il pegno che doveva pagare Giovanna in cambio dell'aiuto ricevuto dai Provenzali? Fu un modo per impedire definitivamente il disegno di Maria di coniugarsi con il re di Ungheria? Fu un piano di Clemente VI per dare Maria d'Angiò in moglie a un del Balzo e per porre fine, così, alle lotte sotterranee dei principi? Probabilmente non lo sapremo mai.

Acciaioli, però, non si dava per vinto e, corrotte alcune sentinelle delle navi provenzali, consentì a Ludovico di salire sulle galee francesi per affrontare e uccidere in duello Ugo del Balzo. Il tarantino si giustificò con il papa rammaricandosi dell'omicidio, compiuto per vendicare l'onore della nuora violentata. Questo consentì a Ludovico di riprendersi il potere e costringere Giovanna a sottoporsi ad umilianti condizioni, togliendole i sigilli e le chiavi della cassa.
Fu la stessa Maria, qualche mese dopo, a vendicarsi del suo violentatore; si recò nella stanza in cui era sorvegliato e lo fece decapitare sotto i suoi occhi; poi ordinò di gettare in mare il corpo dilaniato dall'alto delle torri di Castel dell'Ovo. Nell'estate del 1353, approfittando dell'assenza di Giovanna, la vendicativa principessa, deposte le vesti da lutto, si recò in casa di Filippo di Taranto, fratello di Ludovico, e lo fece suo sposo.

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